修正申告で計上された減価償却超過額のその後の処理はどうしたらいいですか？

別表4で加算・減算したものが別表5で記載されます。
別表4は期間の動きを示しており、別表5は残高情報が記載されているというイメージです。例えば別表4で加算した140,000円はその期間で発生したものですが、税務上調整が終わっていない残高も同額発生しているため140,000円計上されています。
別表で調整しているから会計上何もしなくていいと言ったことについてご説明いたしますと、140,000円を2年間で減価償却費で計上しますと1年間当たり70,000円が発生しますが、別表だけで調整すると会計上は仕訳をいれず、前期に別表4で加算した140,000円を、今度は70,000円を別表4で減算します。同時に別表5で同額分減らす処理をしますので、別表5の残高は残り70,000円になります。これをもう１年続けることで別表5は０になります。初年度に否認された経費を残り2年間別表4で減算させることでトータルの経費の帳尻が合うようになってます。
ややこしいと思いますので追加で聞きたいことがございましたらご連絡ください。どうぞよろしくお願いいたします。

ご回答ありがとうございます。
別表４で記載されたから税務調整が終わっているわけではない（だから留保）のですね。超過・否認された分の減価償却を、申告書で終了させた時点（例では２年後）で処理終了という理解でよろしいでしょうか。

追加でお尋ねしたいのですが、この処理を会計上で終了させたい場合は、どのように処理するのが適正でしょうか？
実は来月4/1を持ちまして、親会社に吸収合併されます。それがあるので、顧問税理士の先生が会計上の仕訳を入れてと言った（親会社の申告書に載せたくない）のだと思います。
　機械工具140,000／前期損益修正益140,000
でいったん資産計上し、減価償却するのは適正ですか？
その場合に、特例の小額減価償却あるいは三年一括償却はできますか？
よろしくお願いします｡

超過・否認された分の減価償却を、申告書で終了させた時点（例では２年後）で処理終了という理解でよろしいでしょうか⇒その理解であっております。
機械工具140,000／前期損益修正益140,000という処理をして、別表5で加算していた140,000を減算することで課税所得への影響額を０にし、減価償却費70,000円を会計上計上することで別表処理を今後発生させないということでしょうか？今まで見たことはありませんが、税金計算には影響を与えないので是認されそうな気がしますが、別表5の金額が全額減算されると、税務署からは問い合わせがくる可能性があるのでなぜそのような処理をとったのか資料を残しておいたほうが良いと思います。
また一度否認されたものに対して特例の少額減価償却等は適用できないと思います。
どうぞよろしくお願いいたします。

一般的には申告書上で処理するものなのですね。特例が使えない点と併せて、了解致しました。
会計上の仕訳を入れる件は顧問税理士の先生からの依頼ですので、追加仕訳で会計上計上した機械工具が残り続けるのをどうするつもりなのか、あるいは親会社の申告書に引き継いで一般的な処理をお願いできないか、相談してみようと思います。
ご年配の先生で、税務の素人である私にもわかるように説明なさるのが難しいらしく、こちらに基本的な知識がないと理解が追い付かなくて困っていました。
大変参考になりました。ありがとうございました。

一部私の説明が不足していましたので、追加でご説明いたしますが、顧問税理士の先生から言われた仕訳を入れて（課税所得＋140,000⇒利益のため）、別表5に残っていた同額の140,000に減算(課税所得△140,000）
をかけることで、課税所得は０になり、そのあと減価償却費70,000を会計上の仕訳をいれることで、課税所得は△70,000になります。これは別表で減算70,000を入れただけの処理の場合と同様の効果になります。そのため、税金計算上はどちらも同じ結果をもたらすため、顧問税理士の先生がおっしゃってるやり方でも問題なさそうな気はしております（税務署は納税金額が同じであれば特に指摘することはないかなと思ってます）。
実務上私はやったことがございませんでしたが、一般的に行われている可能性もございますので、今一度顧問税理士の先生に確認（もしくは税務署にそのような方法で処理しても問題ないか確認）し、大丈夫とのことであればその方法でもよろしいかと思います。
どうぞよろしくお願いいたします。

追加の解説をありがとうございました。
いろいろとわかりやすくて頭の中がスッキリしました。
この後の処理は税理士の先生と相談してみます。
ありがとうございました。