壊したか、移設したか、対価補償金か、移転補償金か、税務署は現地を確認する？

現地墓地を確認しますし、寺社・墓石業者・工事業者への聞き取り調査にも行きます。補償金を支出した自治体などの担当者にも場合によっては聞き取りを行います。一度に多くの方が移転するので、まとめて調査することが多いようです。

数件しか移設しないような小規模な公共事業の際も同様に調査するのでしょうか？

税務署側としては、ある程度の税収が入る見込みのある公共事業を調査したいところではあるでしょう。しかし、そうしてしまうと、小規模な公共工事では、ずさんな処理でも構わないということになってしまいます。
そのため、税務署としては、納税者へのけん制の意味も込めて、一定規模以上の公共事業及び小規模な公共事業のうち何件かをピックアップして調査します。
小規模だからといって、調査しないとはいいきれません。

網羅的に現地を確認するわけではない、ということですか？

その通りです。すべての申告案件について、調査するわけではありません。