外注費が給与と判断された場合の源泉徴収について

外注費が否認され源泉所得税の課税漏れを指摘された場合、確定申告による納付分は更正により還付されますから2重取りにはなりません。

中田先生ご回答ありがとうございます。
追加で質問です。

という事は、
弊社⇨源泉所得税の徴収漏れを払う
外注先⇨ 提出していた確定申告を更正で所得税が還付される。
還付された所得税を弊社に戻してもらえれば、延滞金以外の実質はペナルティがないという事でしょうか？

正確には、源泉所得税の徴収漏れ分を外注先（給与所得者）から徴収することになります。
源泉所得税額と還付税額とは必ずしも一致しませんが、加算税、延滞税以外はぺナルティはないということです。

弊社は外注先(給与所得者)から源泉所得税の漏れ分を徴収し、税務署に支払う。もちろん加算税・延滞税も。

外注先(給与所得者)は、事業所得ではなく、給与所得者に変更になり、自分で確定申告の更正をして所得税の還付を受ける。

という流れでしょうか？

はい、おっしゃるとおりです。
税務調査があれば、調査担当者に確認してみてください。

よく分かりました。
ありがとうございました！