税務調査で住宅取得税控除を10年を超えて行っていたことが発覚した場合について

私は法律の専門家ではありませんが、法律的には善管注意義務（税の専門家ですからそれより重い？）違反を理由に不法行為に基づく損害賠償請求権があるように思います。それ以前に、常識的にも「本税はともかくとして、追徴金だけは負担して欲しい」という要請をなさるのは、理屈の上では何ら違和感がないように思います。
しかし実際には、そうした理屈等よりも今後の税理士事務所とどういう関係を築いていくか、という点が最大の問題であろうと思います。具体的には、そうした「気付きにくかった」というある意味やむを得なかった要素を有するミスに対して（おそらく金額も僅少）、そのような要請をすることが双方の関係において得策なのかどうか、です。
例えばその会計事務所が、日頃からいろいろ有益な情報・提案をしてくれているとしましょう。その場合には先方は「いつもこんなに頑張っているにもかかわらず、ちょっとしたミスをした場合にはそんな請求をしてくるのか」と不快に思うかもしれません。その一方、の最低限の仕事以外は一切してくれない、という会計事務所・担当者もありましょう。つきあいは長ければいいというものでもないとも思います。
結局のところ、そうした双方の今後の関係を十分考えた上で方針をお決めになるべきであろうと思います（本音を言えば、会計事務所が自発的に加算税部分を負担する、と言ってくれるのが一番だと思いますが）。