相続税の税務調査の前に、更正の請求が可能な部分が見つかりました。いつ行うべきでしょうか？

回答します。
どちらも可能です。どちらも納税者の権利なので、先に修正申告したり、更正の請求を行うことは多々ありますので心配ないです。

可能なら調査前に修正申告を行いたいと考えています。更正の請求は同時に行うべきでしょうか、それとも税務調査が終わった後の方がよいのでしょうか。

⇒　仮に税務調査によって金額が変更になった場合には、それも含めて一度で終わらせたいなら、税務調査終了後とすれば2度手間にならないでしょう。
手間が苦にならないならば、一旦、更正の請求としておき、後は税務調査の結果待ちということもできるでしょう。

試算では還付される税金の方が金額が大きくなりましたが、このようなことはあり得るのでしょうか。

⇒　あり得ます。

修正申告と更正の請求を同時に行うことにしました。
今回は、皆様のご返答誠にありがとうございました。

お役に立てたとすれば幸いです。