年末調整関係書類が税務署から届きました

　　回答します

　　e-Ltaxは地方税の「給与支払報告書」になります。e-Ltaxで税務署への提出はできません。（連動はしていません）
　　国税（税務署）はe-Taxとなりますので、令和3年分の法定調書合計表等を提出していない可能性があります。
　　（市区町村から転送されたかは分かりません）

　追伸

　「e-Ltaxを利用して、e-Tax経由」という手続きは、当事務所で使用しているシステムではできません。しかし、貴方が使用しているシステムで利用が出来るのかは、正直、分かりかねます。
　念のため「送信記録書」の提出先と書類名を確認したうえで、税務署に令和3年分の法定調書の合計表等が提出されているか確認されてはいかがでしょうか。

情報が足りずに申し訳ありません。
当方はPCdeskというeLTAX対応ソフトウェアを利用して処理しました。

https://www.eltax.lta.go.jp/eltax/software/

このソフトには税務署及び各市町村への一元化送信機能が付いており、あれから確認したところ
eLTaxのメッセージボックスにもe-Taxの送信記録にも、給与支払報告書も法定調書もそれぞれの市町村と所轄税務署宛に送信され「受付完了」となった記録がありました。
しかしそうなると「受付完了」になっているのに紙の法定調書合計表等が同封されていた理由が分かりません。

回答します。

　疑問になられるのは当然ですね。
　e-Taxで送信（申告や申請）をした方には、税務署では申告用紙等を送らないこととして、印刷から除外するようになっているはずです。
　実際e-Taxで確定申告した方には、申告用紙などは送られてきていませんが、法定調書の確認はしていませんでした。
　
　今回のケースでは、その除外からなぜが外れた可能性があります。
　原因は分かりませんので、やはり税務署に確認する必要があると思います。

　お役に立てずに申し訳ございません。

追加情報として、お伝えいたします

　「e-Ltaxで税務署に源泉徴収票を送られ、別途、他の支払調書がある場合は、法定調書を法定調書合計表とともに提出することになっています。
　他の法定調書がない場合は、e-Ltaxのみで完了ですが、翌年は、源泉徴収票以外の法定調書がある可能性があり、法定調書の合計表を送っています。」と伺いました。

　しかし、そうだとすると、案内の説明とは合致しないように思います。
　回答になっていないようで、申し訳ありませんが、念のためお伝えいたします。