法人相手に源泉徴収をして振り込んでしまいました

先ずは相手方にお詫びの連絡をすべきでしょう。
その上で差し引いてしまった源泉をどのように渡すかを相手方に確認ｓてください。

ご回答ありがとうございます。
こちらも法人口座で、相手方も法人口座の場合、請求書を改めて作成する必要はありますでしょうか？

貴社が支払う方ですよね？何故、貴社が請求書を作成するのですか？
請求書は受け取る方が作成するものです。

ご回答ありがとうございます。
お手数をおかけして申し訳ございません。先方様に作成していただくもので誤記でした。
再作成していただいたほうが良いでしょうか？

そもそも相手様は源泉を差し引いた請求書を発行して貴社はそれを受け取っているのですか？
普通に考えれば、相手様が法人であれば源泉を差し引いた請求書を発行することはないと思いますが。