業務委託で源泉徴収されなくなった件

「業務委託」の内容が不明ですが、そもそも源泉課税されない支払であったのではないでしょうか。
源泉課税される「報酬」は限定列挙ですので、必ずしも「報酬＝源泉課税対象」ではありません。
もし、源泉課税が誤りであれば、過去に差し引かれた源泉所得税は支払者（税務署ではありません）に還付請求することになります。

ご返答ありがとうございます。
PCを用いて文章での返信業務が仕事です。
源泉徴収されなくなった時期が年始や年度始まりではないのが不思議ですが、確定申告するので問題ないでしょうか？
ご検討いただけますと幸いです。
よろしくお願いいたします。

「ＰＣを用いて文章の返信業務」の内容がいまいちわかりませんが、「文字起こし」（音声を文字にすること）のことなのでしょうか。
これであれば源泉所得税は課税されませんが、「翻訳」となるのであれば源泉課税されます。

なお、源泉課税の誤りは確定申告で是正することはできません。そもそも、誤って課税された源泉所得税は、確定申告での税額控除の対象にできません。