会社を退職したのですが、最後の給料から引かれてる所得税が高いんです。

支給すべき日が退職後なら甲欄でなく、乙蘭でやります。支給すべき日が12月で、支給が1月になったときは甲欄です（2019年の所得です）。39万で4万徴収だと、両方まざっているようです。なかみを見て、前者だけ、2020年の申告にいれるといいと思います。

2020年1月のお給料が有給分と一緒に
2月に振り込まれました。なので、前年度の支給分は含まれておりません。退職日は2月25日となっているんですが、振り込みは昨日されていました。甲欄と給料明細書に記載がされていました。
この場合、どうなんでしょうか？

会社に聞いてもいいのですが、ことしの分としてまとめて申告すれば全部きれいに精算されるのでそうしたらどうですか。

今年の分としてまとめて申告とは、
来年に確定申告をしたらよいという事ですか？
39万に対して、4万の所得税が多いのでは？という謎はそのままになってしまいますが…
2019年度については年末調整も終わり、
調整金も戻ってきています。