日本にワーホリビザで滞在中の外国人が母国の会社にリモート勤務をする場合

日本から勤務するとその勤務で得る所得（給料）は国内源泉所得になって、非居住者の国内源泉所得で日本で所得税を納めないといけません。海外で支払われるので、源泉徴収されないので、自分で確定申告することになると思います。短期滞在者免税の対象でもないように思います。でも実際に申告書を出している人はいないように思います。

母国の会社が税金を抜かないで給料を払ってくれず源泉徴収される場合は、日本でも確定申告することによって日本でも母国でもダブルで税金を支払わないといけない、ということですね、、、

母国がどちらの国かわかりませんが、ダブルで税金が課税されると思います。外国税額控除という制度である程度リカバーできると思いますが、全部はリカバーできないと思います。あなたのケースは非常にマイナーなケースなので申告しない人も多いと思います。