帳簿付けの源泉徴収について。

仕事日の帳簿には単価＋消費税＋交通費実費で入力しているのですが、売掛金回収時に源泉徴収税を引いて入力すると残高表示が出てしまうのはズレが生じている証拠ですか？

→例えば、単価＋消費税＋交通費実費が10万円で、請求書に記載した源泉所億税が1万円、入金が9万円で売掛金残高が1万円残るということですか？
弥生のオンラインの操作方法はわかりませんが上記の通りであれば、仕訳は以下のようになります。
仕事日・（借方）売掛金9万円、仮払金1万円／（貸方）売上高10万円
売掛金回収時・（借方）預金9万円／（貸方）売掛金9万円
となり、売掛金の残高は残りません。

交通費実費分を収入内に入れる入力方法はそもそも間違っているのでしょうか。

→こちらは貴方の収入（売上）となるのか立替金となるのかは委託元との契約で判断しないとわかりません。