給与との相殺事例について

労働基準法第二十四条は、「賃金は、通貨で、直接労働者に、その全額を支払わなければならない。」とされていますが、その後に但し書きがあり、「法令に別段の定めがある場合（中略）賃金の一部を控除して支払うことができる。」とされています。法令に別段の定めがありますので、問題ないのではないのでしょうか。

別段の定めとは何でしょうか？
そこが重要なポイントだと思いますが。

このあたりの規定ですね。
健康保険法
第百六十七条　事業主は、被保険者に対して通貨をもって報酬を支払う場合においては、被保険者の負担すべき前月の標準報酬月額に係る保険料を報酬から控除することができる。

厚生年金保険法
第八十四条　事業主は、被保険者に対して通貨をもつて報酬を支払う場合においては、被保険者の負担すべき前月の標準報酬月額に係る保険料を報酬から控除することができる。