扶養控除是正

ご回答します。

ご質問者様は、企業の労務や経理をご担当している方と思われますので、その前提でご回答致します。

①税務署は、令和5年分が誤り対象年にしてきているので、令和5年分の課税証明をあげれば良いですか？

是正通知の対象社員について、令和５年だけでなく、令和４年と令和３年の３年間分について、対象社員の配偶者の課税証明書等から年末調整の再計算を行い、追加納付又は修正なし等を各年に記入し納付する必要があります。

税務署は、令和５年分は配偶者の所得超過により配偶者控除（又は配偶者特別控除）の金額に誤りがあると把握しおり、令和４年や令和３年についても配偶者控除の金額に誤りがあるのではないか？と考えています。

そのため、簡単に言ってしまえば、「令和４年と令和３年も対象社員について会社で調べて追加納付の必要性を検討し報告してください」と税務署はいってきています。

以上のことから、対象年は令和５年ですが、令和４年と令和３年も回答欄が設けられております。
ちなみに、対象社員の配偶者の所得証明等は税務署に提出する必要はなく、同封されてきた回答書の送付と納付書で納付をすれば大丈夫です。


②住民税の是正について

自治体側が先に配偶者控除の誤りを把握し、それを税務署へ報告していることが多いです。
そのため、住民税については、対象社員の特別徴収税額変更通知書が会社へ送られてくるかと思います。

それに従い、対象社員の特別徴収の金額を変更すれば完了となります。
また、普通徴収の場合には、対象社員の自宅へ是正分の納付書が郵送されることになります。

多くの場合、自治体は、配偶者控除等の誤りを把握してはいますが、会社としては対象社員の給与支払報告書の訂正版を自治体へ提出すれば完了となります。

以上、ご参考にしてください。