年末調整に誤りがあったことが判明した場合の対応について
お世話になります。
2019年12月に実施した年末調整に誤りがあることが判明しました。
内容は、個人型年金の掛金です。
本来は、本人が申請してきている控除額と、添付されている控除証明書の金額に相違がないか、人事課で精査し、相違があれば、年末調整の計算に含めてはならないものを、誤って、控除証明書の添付がない金額を計算に含めてしまった状況です。
本人からの、「自宅に届いた控除証明書と源泉徴収票に記載されている額が違う」という指摘で判明しました。
(誤240,000 正120,000)
その場合、会社で再計算をしなければならないのでしょうか?
それとも、本人に確定申告いただき、修正する方法で問題ないのでしょうか?
1月での再年調は間に合わないため、源泉徴収票は手で修正し、2月給与で過不足税額を計算することになります。
本人は、「いずれにしても確定申告をするので、自分でやります」と話しています。
給与支払報告書よりも、確定申告の方が強いため、住民税は、確定申告後の金額で計算されるものと思われます。
よって、結果的には正しい数字になるかと思いますが、会社側の誤りにも関わらず、確定申告によって修正する方法で問題がないか、ご指導いただきたくご依頼申し上げます。
長文すみません・・。
お手数ですが宜しくお願い申し上げます。
税理士の回答

1.年末調整に誤りがあれば、年末調整のやり直しか、確定申告になると思います。会社の方で、源泉徴収票を修正して、2月給与で過不足税額を精算するのであれば、年末調整のやり直しになります。市区町村への給与支払報告書は再送する必要があります。
2.なお、社員本人が確定申告をされるのであれば、会社の方は年末調整のやり直しは不要になります。
本投稿は、2020年01月29日 08時57分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。