源泉所得税について

従業員の過年度の源泉徴収の不足を税務署から指摘を受けました。この際、次回の給与支給時に不足分を従業員から徴収して宜しいでしょうか？

良いです。
従業員の不足分ですから。

また、先に会社の資金から納付しますので会社の処理は、立替金✕✕✕/現預金✕✕✕で宜しいでしょうか？

そのしわkでよいが・・・
従業員から源泉税を引く行為が抜けていたので、
従業員からもらうので、もらう時は、後のため以下が良い。
現金預金＊＊＊預り金＊＊＊

ので、支払う時は、
源泉税預り金＊＊＊現金預金＊＊＊
が良い。
納めた後、延滞税などの請求が来ます。
それは、
租税公課＊＊＊現金預金＊＊＊で、摘要欄に延滞税などと記載します。
これは、従業員に請求はできない・・・と考えます。