役員報酬 一人分だけ

役員報酬を無報酬（ゼロ）にすることは可能です。

4万円ほど支給したことにしたいのですが、大丈夫でしょうか？


実際には支給していないということでしょうか？
支給していないのであれば、架空の役員報酬とみなされ、損金算入が否認されるかと考えます。

すでに1人に4万払ってあります。代表社員から、個別報酬という形で、1人だけ、ポケットマネーから、払う形の予定でしたが、会社のお金から、出費してしまいました。会社から、出るお金として、役員報酬にすることができるのか、ということです。役員報酬にできるのでしょうか？
他の3人は、ゼロで、1人だけ役員報酬というのはできますでしょうか？
できなければ、代表社員の貸付金として、処理したらいいでしょうか？

実際に支給されていたのですね。
三人は役員報酬をゼロにして、一人だけ支給することはできます。
ただし、役員報酬は毎月同じ報酬を支払う必要があります。もし、6月だけしか支給するのであれば、損金にはできません。
結果的には貸付金と同じで、経費としては認めてもらえません。