役員報酬　控除せずに支払

社会保険は他の会社の給料で入っており、役員報酬からは所得税だけ控除した残りを支払うのが正しいのでしょうか？その場合源泉徴収税額117万の乙欄でよろしいですか？

→他の会社で甲欄で徴収されているのであれば乙欄です。

また、17万で払ってしまった分の控除額は、役員借入金でもどしても大丈夫でしょうか？調査で指摘されないか気になりまして

→役員借入金ではなく預り金で戻します。その上で未納の源泉所得税を各月分毎に納付します。（納期の特例の適用を受けている場合は1～6月分と7～12月分を納付します。）納付については税務署に直接ご相談ください。
未納の状態であれば調査で指摘されるでしょう。

回答ありがとうございます。

預り金でもどすというのは
役員報酬17万　　　普通預金17万
→　例えば1万源泉として
普通預金1万　　　預り金1万だと思うのですがこちらを
役員借入金1万　預り金1万としても
問題ないでしょうか？

役員借入金1万を貸方にすると役員借入金がマイナスになりますし、そもそも源泉は天引きすべきものですから、天引きを失念していたのであれば会社に戻さなければいけませんので問題があると思います。
現金1万／預り金1万です。

間違えました。
役員借入金1万を借方にすると、です。

何度もすみません。役員借入金が多額に残っているので、役員借入金が1万減る。ので支払ったことになると考えたのですが、役員報酬の定額支払いではなくなり、否認されるという事でしょうか？

役員借入金の状況が不明なため、先の回答をしました。
定期同額は源泉徴収前の金額なので、それが問題になることはありません。
会社から返済を受けた現金で源泉分を会社に戻したと解釈すれば出来ないことはありませんが、そもそも源泉徴収義務違反の状態なので、未徴収の源泉分は会社に戻す方が調査時に説明しやすいと思います。
こういったことは原理原則通りにした方が私は良いと思います。

何度も質問してしまいすみません。
色々と丁寧にありがとうございました。