決算書の現金の数字について

まとめて引き出したときに（借方）事業主貸／（貸方）現金なので、引き出したお金で備品を買ったときは（借方）備品／（貸方）事業主借にしないと、現金は当然マイナスになります。

そうですよね。
このまとめて引き出して全て備品や広告宣伝費など全て事業主借で仕訳していてもとくに問題はないでしょうか？

ネット上で事業主借が多いと税務署に突かれやすいとみたもので。

このまとめて引き出して全て備品や広告宣伝費など全て事業主借で仕訳していてもとくに問題はないでしょうか？

→それが正しいのであれば、そのように仕訳をすることが正しい処理です。あり得ない現金残高がマイナスの方が問題です。現金管理が杜撰と思われますから。

ネット上で事業主借が多いと税務署に突かれやすいとみたもので。

→聞いたことがありません。ネット情報を信じるかどうかはご自身でご判断下さい。

ではお店の口座から引き出した場合は全て
事業主貸/普通預金
にして、お店の備品など購入時は
消耗品/事業主借
での仕訳が多くて事実ならば問題はないということですね。

貸借対照表の現金はそもそもどこの現金を指しているのでしょうか？

店にある事業用の現金です。

事業用の現金とプライベート用の現金が財布で一緒になっている場合はどうしたら良いですか？

通常は全てきっちり分けるべきですか？

通常は全て事業主勘定で処理します。事業用とプライベート用を分けていないものを現金でマネーフォワードに登録するのであれば、生活費等のプライベート現金も全て仕訳登録しなければいけません。
きっちり分けることができるのであればそうしてください。
申し訳ありませんが、五月雨式に追加質問が続きますので回答は以上とさせていただきます。