下取車の仕訳について

その場合、売却益の科目は使用せず、事業主借での計上でしょうか？

→事業主貸1円／車両運搬具1円、です。

また、事業所得とはならず、譲渡所得に含めるのでしょうか？（取得してから5年経過しているため長期譲渡？）

→総合課税の譲渡所得ですが、特別控除額50万円（限度額）がありますので譲渡所得の金額は0円です。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3152.htm

34,499円を、確定申告書に記載するのでしょうか？

→収入金額に35,000円、所得金額に0円と記載します。

ご回答いただきありがとうございます。
追加で確認したいのですが、

その場合、売却益の科目は使用せず、事業主借での計上でしょうか？

→事業主貸1円／車両運搬具1円、です。


こちらについて、事業主貸に1円で計上すると貸借が合わないのですが、
下取によって発生した利益（？）については事業主借での計上ではないのでしょうか？

何故、合わないのですか？
帳簿価額は1円と貴殿が書かれていますが、お考えの仕訳をお教えください。
個人の事業用資産の譲渡は事業所得にはならず総合課税の譲渡所得です。総合課税の譲渡所得には売却損益というものは生じません。

車両　658,680　/　預金　　　700,000
経費　 72,780　/　車両　　　　　　1
　　　　　　　 /　事業主借　 31,459

下取35,000円が、譲渡所得になることはわかりました。

所得の種類が事業所得と譲渡所得で異なりますので購入と下取り（譲渡）は別々に考えますが、ご記載の仕訳でも以下の通り問題ありません。
購入
（借方）車両運搬具658,680、経費72,780／（貸方）預金700,000、事業主借31,460
下取り
（借方）事業主貸1／（貸方）車両運搬具1
上記の仕訳を纏めると貴殿の仕訳になります。

ご丁寧にありがとうございました。