今まで個人の支払いであったものを会社経費にする場合につきまして

車や建物、電話等は100％会社利用なのでしょうか？
それとも、お父様との共同利用になるのでしょうか？

前者であれば、お父様に賃借料（利用料や家賃等）の支払いの契約を締結して適正額をお支払い頂ければ宜しいと思います。

後者の場合には、会社利用分を明確に区分して金額を合理的に算出することが必要です。一部利用していることが会社の業務用ということであり、且つ、具体的金額の算定が可能であれば会社利用分に関しては会社の経費に計上しても宜しいと考えます。
この場合も内容が明らかな書類の保存が必要になりますので、ご相談者様が仰るような方法（父から会社に請求書を発行し、会社が支払い、父から領収書をもらって）でも宜しいと考えます。

いずれにしても、会社としての利用実態と金額の算定根拠を明確にしておくことが必要になりますのでご留意ください。
宜しくお願いします。