従業員登録をしてない場合

従業員に対する給与賃金は、労働保険の加入の有無にかかわらず必要経費になります。
なお、労働保険は個人事業者の場合は、任意加入です。

お返事ありがとうございます。

任意、とは、義務ではないのですね。
更に質問なのですが、相手（従業員）へ支払った昨年の総額300万程。従業員は、確定申告をせず、私どものみ、名前を記入し、経費としても、問題ないのでしょうか？
従業員の方は、失業保険期間があったり、健康保険の関係だと思うのですが、申告は、したくないそうです。
どの様にしたら良いのか分からず、悩んでおります。
宜しくお願いします。

個人事業者が従業員を雇用して給与を支払った場合は源泉徴収義務が発生します。
この源泉徴収を行なってさえおれば、従業員が確定申告するもしないも事業主には無関係ですから、事業主としての源泉徴収義務は果たしてください。

本来、毎月の給料から、引いておかないといけなかったんですね。

昨年の、源泉徴収は、今からでも間に合いますでしょうか？また、どのように行えば良いのでしょうか？
宜しくお願い致します。

源泉所得税は、税務調査で告知（決定）されるまでは自主的に納付できます。
具体的な源泉徴収の事務は、慣れるまでは結構難しいので、税務署の源泉所得税担当に指導を仰ぐことをお勧めします。
さわりだけ説明しますと、「給与支払事務所の開設届」、「納期の特例適用申請書」を税務署に提出し、従業員に「扶養控除等申告書」を提出してもらってはじめて甲欄税額表による源泉徴収事務がスタートします。
あとは、毎月給料支払時に給与支払額と税額表にしたがって、源泉徴収税額を差し引いて、国に納付することになります。