法人経費

よろしくおねがいします。
個人の所得税の支払いは法人の経費とはなりません。
それなので、社長が受取る役員報酬から個人として支払うべきです。
ちなみに、２０２０年分の確定申告を来年の３月頃にしても、おそらくはいままで事業所得があった時のような税額が出ないと考えられます。その場合、税務署に予定納税の減額申請書を提出することができますので、ご確認ください。

回答します
　事業を継続したとしても個人と法人は、確実に区分することをお勧めします。
　個人の所得にかかる「予定納税」が、事業所得に係るものであったとしても、法人とは切り離さないといけません。
　もしも手持ち資金がなく、法人が支払った場合は、個人（代表者）に対する「貸付金」などで処理をします。ただし、個人に対する貸付金からは法人は利息を得ないといけませんし、銀行の査定上も好ましいものではありません。
　なお、予定納税の減額申請については村瀬先生のご回答を参考にしてください。

　御社の場合、事業の法人成りのため「廃業」ではありませんが、個人としては廃業になりますので、減額申請の対象となります。
　ただし、第1期（7月31日納付期限）には間に合いませんので、第2期からの減額申請になると思われますので、11月15日までに申請をされるようにしてください。

　国税庁ＨＰの説明箇所を添付します。参考にしてください。
No2040　予定納税
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/2040.htm

予定納税額の減額申請（手続き）
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/02.htm