名義変更後の経費の扱いについて

工場の建物そのものの所有権がご自身に変更されたのでしょうか？不動産所得は所有者に生じる所得ですので契約書の名義変更だけでは所得の移動はありません。従来通り、お父様の所得になります。

不動産、電気、水道などの名義は親のままで、賃貸借契約の賃貸人名義だけを変更し、収入や経費の管理を私が行おうと考えています。親は高齢なので取り扱う金額によっては制限がかかる金融機関がありますので、実際の作業などを私がおこないやすいようにと考えておりますが、これ自体に問題がありますか。

あくまでもそれらの収入等はお父様のものなので私物に使わないことと自分の預金と混在しないように新たな口座等で資金を預かって代理でしていることが重要です。