売上の過大計上

更正の請求をしないのであれば以下のような処理とせざるを得ないと思います。

別表4　過年度損益修正益ではなく過年度損益修正損（加算・留保）です。
税込経理の場合
過年度損益修正損　総額①と留保②に500,000
税抜経理の場合
過年度損益修正損　総額①454,546、留保②△45,454と500,000

別表5(1)　別表4で加算・留保の一時差異が生じますので、記載する必要があります。但し、更正の請求をしないので期首現在利益積立金額の計上がありませんので、当期の減と増の両方に記載せざるを得ません。
税込経理の場合
区分に売掛金、当期の減②と増③に△500,000、差引利益積立金額④は0
税抜経理の場合
区分に売掛金、当期の減②と増③に△454,546、差引利益積立金額④は0
区分に未収消費税　当期の減②と増③に45,454、差引利益積立金額④は0

株主資本変動計算書は、過年度損益修正損（税込経理であれば500,000円、税抜経理であれば454,546円）が会計上の当期純利益に反映され、これが利益剰余金の変動に反映される筈です。　

過年度修正損なのでね。今期売上計上するから益だと思ってました。出だしから間違っていました。
消費税も法人税申告書上で修正、株主資本等変動計算書は、会計上の仕訳で調整不要で反映される。ですね。
とても分かりやすかったです。
ありがとうございます。