運送業の高速代+会計処理

「高速代」や「交通費」は、たとえ立替で支払ったとしても、「消費税」がかかります。
したがって、立替分でも、原則としてご自身が支払った金額は「課税仕入」、外注元に請求した金額は「課税売上」となります。

ただし、こういった立替金を、通常の「請求書」と別に、「立替金精算書」などで実費精算する場合（外注元名義の領収書添付）は、本来、外注元が支払うべきものを、単に立替払しただけですので、立替金（消費税対象外）処理、外注元は「課税仕入」で処理を行います。
つまり、「取引先名義の領収書添付」が必要ですということです。

したがって、通常はこのような立替金精算が行われていないので、高速代を含めて全額が、荷主に対しては「売上高」、「利用運送事業者」に対しては「外注費」となります。

荷主には都度都度、高速道路の利用証明書を外注先からもらってそのまま送っています。それが立替にならない場合、どの勘定科目で処理すればいいですか？旅費交通費で処理すればいいですか？

立替払い処理するためには、売上高とは別に「立替金精算」をする必要があります。売上の請求書に加算すると全体が売り上げになります。
立替払いとならない場合には、利用運送事業者には運賃代も含めて支払うわけですからすべてが外注費となります。旅費交通費として別途処理する必要はありません。