家賃等按分について

妻の経営する会社でも妻個人と法人は全くの別人格ですから、夫と妻の法人で転貸借契約を締結して、妻の会社から夫に賃料を支払う必要があります。
この場合、妻の会社は経費ですが夫は収入になります。
但し、実態として会社の営業に使用していない場合は否認されるでしょう。
また、税務上の問題以前に家主との賃貸借契約で事業に使用する目的での転貸が可能である旨の記載がなければ、民法違反となります。こちらの詳細は弁護士にご照会ください。

法人なので同一生計親族間の扱いにならないということでしょうか？

ご記載の通りです。法人は親族でもなければ個人（自然人）のように同一生計という概念がそもそもありません。