修正申告（還付金のもれ）について

別表4の当期利益の欄に50,000をプラスした金額を記入し18で同額の減算しましたが、これは間違ってないでしょうか。

正しい。
別表5(1)にはどの様に記入するのが良いのでしょうか？

未収入金50,000円を入れます。
入力した後、検算をしてください。

提出する必要があるのは別表1、別表1次葉、別表4、別表5(1)だけで良いですか？

当期利益の金額が影響する別表については全て、提出する。
宜しくお願い致します。

実際に前期の申告書類等や還付内容を見ないとわからない部分があるため、文面からわかる範囲で回答します。
過誤納等の理由による還付金は益金不算入なので、前期の税額は変わりませんから修正申告は不要です。ご記載のように前期の修正申告書を作成しても当期利益50,000増加、別表4で50,000減算すれば所得も税額も変わらない筈です。
以下、貴社が中小企業である前提で回答します。
会計処理
前期の確定決算を遡及訂正する必要はありませんので、当期に還付された過誤納金を、現金預金50,000／前期損益修正益50,000と仕訳処理すれば当期の当期利益に50,000が加算されます。
税務申告処理
冒頭の通り過誤納還付金は益金不算入なので、当期の申告書において、別表4は18で50,000を減算、別表5(1)は未納法人税等の期首現在利益積立金額△50,000、当期の減△50,000、翌期首現在利益積立金額0、別表5(2)は期首現在未納税額△50,000、当期中の納付税額⑤△50,000、期末現在未納税額0、で処理できると思います。

当社は中小企業です、詳しく説明していただき有難うございました。
必要のない修正申告はしない事となりました。
申し訳ありませんが追加の質問をさせて下さい。前期損益修正益はソフトに科目が無いので新規設定する必要があります「特別利益」で良いでしょうか？
今期の決算で勘定科目内訳明細書の「雑益、雑損の内訳書」に記載する必要はありますか？

申し訳ありませんが追加の質問をさせて下さい。前期損益修正益はソフトに科目が無いので新規設定する必要があります「特別利益」で良いでしょうか？
その中の、前期損益修正益を新設ください。
明示すべきと考えます。

御解答有難うございました。
今期の決算ではそうします。