合同会社を清算する場合の法人口座資金について

A90万、B10万でも出資額に寄らず自由に分配でよいのでしょうか.

→残余財産は出資割合に応じて分配しないと、多く分配を受けた出資者は少なく分配を受けた出資者から贈与を受けたものとして、多く分配を受けた分に贈与税が課されます。

尚、清算による法人口座の分配で、特別な税金はかかりますか？

→分配を受けた金額－出資金額がみなし配当となり、総合課税の配当所得になり他の総合課税の所得（給与所得等）と合算して所得税が課されます。翌年度の住民税も配当所得が増える分増加します。

法人の解散・清算は設立よりも税務、会計、登記手続きが煩雑なので知識がないとできませんし、専門家に依頼しても税理士だけではなく司法書士のサポートも必要になります。
費用は掛かりますが、直接専門家にご相談いただいた方がよろしいかと思います。

旅館業の管理法人ですが、個人で宿泊建物及び土地は所有し安く法人に貸すため、単純に「分配金額-出資金額」なると、個人は法人へ賃貸の家賃分の所得税も払っているため損をしそうですね…
専門家を探してみようと思います。ありがとうございます