決算書や税務調査について税理士を通さず直接税務署に問い合わせをしていいかどうか

税務署に直接確認するかは、納税者（お客様）の権利ですので、税理士を通さずに税務署に問い合わせても問題ございません。

申告書をはじめ届出書、ましてや修正申告書は追加の税金が発生するので、社長や事業主に、内容説明と提出の了解を得て申告するのが、正式な流れになります。
税務調査の調査宣言があると税理士に連絡が入り、社長に日程の都合の調整のための連絡が入ります。勝手に、税理士だけで完結できて、修正申告もできるというものではないです。
もしもですが、税理士法33の2の書面添付で、税理士との事前聞き取りで解決のケースもありうるかもです。
いずれにしても、貴殿が税務署に直接で聞くのはありです。
回答入力中に作業が止まっている間に先に回答されている先生がいらっしゃいますが、掲載しておきます。不要であればこのコメントはスルーしてください。

いろなんご事情あるかと思いますが、税務署に直接連絡とる自体は違法な対応ではありませんので問題ございません。

この度はご回答誠にありがとうございました。かしこまりました。なんだか後ろめたい気持ちがありましたが　気にせず行ってみようと思います。どうも本当に助かりました。

3名の先生方、ありがとうございました。気にしていけないままでしたが　行ってみようという気持ちになれました。どうもありがとうございました。質問してよかったです。