棚卸資産の仕訳ミス。修正申告が必要でしょうか

今期に、税務調査等があった場合には修正申告が必要になると考えます。

一番確実なのは修正申告をすることですが、「少額不追及」という考えもありますので、顧問税理士の先生は金額を勘案されてそう判断されたのだと考えます。

調査が入れば、その仕訳を見ただけで確実に謝りに気付くと思われます。
その際に修正申告の提出を求められ、当然、修正申告の提出をされると思いますが、調査で指摘された場合には、加算税が賦課されることとなります。
今回の場合は単純な仕訳の謝りと言うことで過少申告加算税の対象となり、増差税額の10%程度(増差税額が50万円を超える場合には最高で15%)の加算税が賦課されることになります。(増差税額が10万円に満たない場合は不徴収)
自主的に修正申告を提出した場合には、当該、加算税が賦課がありません。
この制度を逆手にとれば、増差税額が10万円を満たないなら加算税の心配はありませんが、間違いに気づいているのに、修正申告をしないでいいとはお答えできません。
そのこと等も踏まえ、顧問の税理士に相談された方がよろしいかと思います。
因みに修正申告に伴い発生した増差税額の納付日までの延滞税は自主修正でも、調査による修正でも別途かかります。(延滞税は当初申告の日から修正申告に係る税額の納付の日までの日割計算で、延滞税の率は年間2.5%程度です。)
延滞税のことも考えると早めに申告、納税をした方が得とも考えられます。
本来、加算税、延滞税は払わないでいい税金であることであることは事実です。
かなり、分かりずらい説明になってしまい申し訳ありません。