決算のやり直し

前々期までの粉飾決算している分は、修正申告して法人税の申告書は訂正します。

中小企業の場合、前期損益修正益又は損で前期までの粉飾決算で修正すべき金額を処理して、決算を繋げる対応が一般的かと思います。
なお「会計上の変更及び誤謬の訂正に関する会計基準」により処理しても良いかと思います。

なぜ、決算上、前々期と前期を繋げない決算をするのか、私には理解できません。
※　前々期以前の粉飾決算の修正を修正申告せずに、前期の利益として処理して欲しいなど、理屈に合わない処理をお願いされた場合、断るか、ハンコなしでの処理にはなると思います。

コレは担当者レベルの話ではなく、社長と税理士との話し合いのレベルです。担当者は、社長から全権委任されているわけではないので、担当者レベルではどうにもならないと思います。