住居兼営業所（登記なし）の扱いについておうかがいしたいです。

①アパート家賃について下記の方法で問題ないでしょうか？
　会社経費で全額支払い



また、記載は、従業員の借り上げ住宅ですので、できる。

　従業員から半額徴収（受取家賃として収益計上）


良い。

②登記はしていないが、地方税の申告は2支店として、本店と県外と2カ所にする必要がありますか？


法人の事務所として使うなら、登記関係なく。
地方税も収める。必要あり。
借り上げ住宅なら、法人の事務所でないので、収める必要はない。
名刺や、看板に、自事務所名を入れる場合は、法人の事務所になる。

③その他、なにか気を付けることがあれば教えていただきたいです。


上記記載。
また、住居用なので、契約書も、消費税は非課税となっていると思う。
経理処理は非課税で。事務所として使う場合にも非課税で。

１，アパート家賃の経理処理について
従業員から徴収する金額が、法令で定められた「賃貸料相当額」の50%以上であれば、給与として課税されず、ご提示の経理処理（会社経費で全額支払い、従業員から半額徴収）で問題ありません。

２，地方税の申告について
法務局への登記の有無にかかわらず、そのアパートは地方税法上の「事務所又は事業所」に該当する可能性が極めて高いです。したがって、本店所在地とは別に、アパートの所在する都道府県及び市町村に対して、法人住民税（均等割）の申告・納付が必要です。

まず①家賃処理については、法人契約であっても従業員が居住を兼ねる以上、私的利用部分を区分する必要があります。ご提示のように会社で全額を負担し、従業員から相当額を徴収し収益計上する方法は実務的に妥当と考えられます。次に②について、地方税の事業所課税は「従業員が常駐し事業活動を行う拠点」が対象となりますので、登記の有無にかかわらず、県外アパートが実質的に営業所であれば二拠点として申告義務が生じ得ます。③留意点としては、従業員住居部分の使用割合を明確化すること、光熱費等の経費区分を合理的に行うこと、さらに各自治体の事業所税・法人住民税の取り扱いを確認することが重要です。

ありがとうございます。
登記が無くとも、申告が必要ですね。
勉強になりました。