個人の口座に事業売上と私物売上が合算されて振り込まれている時の記帳が分かりません。

残高を合わせる必要がなければ、私物売上は計上する必要はありません。

ただ、私見ですが、合わせた方が管理はしやすいかと思います。

青色申告特別控除65万円の帳簿は、貸借対照表も必要なので、預金残高も必要になります。
仕訳　　預金/売上　×××　事業の売上
　　　　預金/事業主借　×××　不要品

「個人の口座」とは、事業用でないプライベートの口座という理解で宜しいでしょうか。
もし、そのような口座への入金であれば、事業の売上だけの記帳処理で問題ありません。
事業売上の金額を次のような仕訳で処理することになります。
（借方）事業主貸　＊＊＊　（貸方）売上　＊＊＊　

私物の売り上げを事業主借で仕訳しますと、MFクラウドの試算表に私物を売った金額が預金合計に載ってしまうので、悩んでいました。念のため、私物の証明は保管しておきます。ありがとうございました。