司法書士報酬の経理

例えば土地はAさんの所有、建物はBさんの所有なので分けるとかの合理的な理由が必要と思います。

土地建物共に所有権移転登記をし所有者が同じ場合
土地建物の司法書士報酬は取得額とせず、費用とする場合は土地の分の司法書士報酬を経費にしても良いのでしょうか？建物の分だけでしょうか？土地建物の合算額を費用としても良いのでしょうか？

報酬は土地建物合わせてひとつの費用（合算額）と思われますが、合算額を2つに分けて一方を取得費、他方を費用とするのは恣意的な損益調整とみなされる可能性がありますので、分ける場合は合理的な理由が必要だと思います。なお取得費か費用かを選択できるのは法人の取扱いで、個人の場合は家事用資産の場合は取得費、事業用資産の場合は費用に計上します。