法人として有価証券取引した場合の決算

税務上は、売買目的有価証券になるでしょうから、期末時価での評価になります。
1については、会計上評価しているので、税務上何もする必要は、ありません。
2については、売買目的有価証券なので、時価での評価と、思ってください。売買目的でない有価証券については、購入時の取得原価です。
3簿価で評価する場合には、売買目的でないという表示をどこかで行ってください。
よろしくお願いいたします。

下記は、国税庁のホームページです
参考にしてください。

第5款　有価証券の時価評価損益
（専担者売買有価証券の意義）
2－3－26　令第119条の12第1号《売買目的有価証券の範囲》に規定する専担者売買有価証券とは、いわゆるトレーディング目的で取得した有価証券をいうのであるから、基本的には、法人が、特定の取引勘定を設けて当該有価証券の売買を行い、かつ、トレーディング業務を日常的に遂行し得る人材から構成された独立の専門部署（関係会社を含む。）により運用がされている場合の当該有価証券がこれに当たることに留意する。（平12年課法2－7「四」により追加）

この後にも、文言は、ありますが・・・長いので、上記までとします。

現物株、信用株式問わず、基本的には長期保有目的で、頻繁に売買しているわけではないので、「会計上はその他有価証券、税務上は売買目的外有価証券」にすることは、法的には間違ってはないでしょうか？

長期保有目的でしたら、
税務上特に、そういう表現にしないといけません。
会計上は、B/S上の投資有価証券の欄に計上して、元帳にも、できれば・・・、売買目的有価証券でない旨を記載してほしいと思います。
税務調査では、相談者が、「数銘柄、半年に一遍くらい売買していると」書かれていたので、
そのところから、すべてが、売買目的では？との指摘を受けることがあります。
帳簿で、しっかりと分けて、管理してください。
会計上も、のせる場所を・・・固定資産の部へ
税務上は、帳簿に、その旨記載。
よろしくお願いいたします。
売買目的という言葉は、会計上の言葉ではなく・・・税務上の言葉です。・・・追加。

売買目的では？と税務署にみられたとしたら、過去の決算時における含み損が損金扱いとなりメリットもありそうです…ありがとうございました

①損が出るときには、不思議ですが、税務署の調査官は、調査しません。
過去の実務の経験から、ですが。"(-""-)"
このような表現は、おかしいかもしれませんが・・・。
よろしくお願いします。