消費税の還付の処理について

申告書の還付税額より実際の還付税額の方が少ないということですか？
通常は還付加算金が加算されるので還付申告額より多いと思いますので、申告書の還付税額と税務署から送られてくる通知書を確認してみてください。

通知書の金額と入金額は同額でした。

前期決算整理
未収入金300,000 / 仮払消費税 300,000
仮受消費税　０　 /

当期　還付金
普通預金298,000　/　未収入金298,000

現在未収入金が2,000円残っています。
雑損失2,000　/　未収入金2,000
この仕訳をしたい考えております。

なぜ2,000円の差額が発生してしまうのでしょうか？
税抜経理による消費税振替差額だとは思うのですが・・・

ご教授いただけましたら幸いです。

経理上の処理と申告計算上の処理の差額ということですね。
消費税の申告は全て税込に引き直して計算しますので、必ずしも仮受消費税－仮払消費税＝差引税額又は控除不足還付税額とはなりません。
課税標準額（税抜課税売上）は千円未満切捨て、仕入税額控除は円単位、差引税額は百円未満切捨てなど、税抜経理の仮受・仮払消費税の差額とは当然差異が生じます。

本来の前期決算整理の仕訳は
（借方）仮受消費税　　 0／（貸方）仮払消費税300,000
（借方）未収入金298,000／
(借方）雑損失　　2,000／

還付時は（借方）普通預金298,000／（貸方）未収入金298,000

となります。