マイカーでの直行直帰について

通勤手当が非課税となるのは、自宅と通常勤務する場所との往復にかかる交通費などの経費で一定金額以下の部分です。マイカーなどを利用している場合は片道の通勤距離で限度が決まっています。したがって、ETC料金やガソリン代は実費精算されません。

一方、会社の旅費交通費として処理する場合には、社用車の利用にかかる費用が原則すべて経費として処理することができます。よって、社用車を私用に用いないのであれば結果的に問題は生じないと思われます（マイカーを持っておられるのでこのようなことはないと思いますが）。駐車場代については従業員個人的な要望なので、特別待遇になると考えられます。

このように考えると、「現状は②の方法で社用車を貸与し直行直帰は認め通勤手当なし、駐車場代負担もなしとして話を進めたいとは思っています。」という考え方の方が一番妥当ではないでしょうか。

ご回答ありがとうございます！
こちらでも税務署の相談コーナーに問い合わせたところ、土師先生と同じような回答が
得られました。
あと申し訳ございません・・・。こちらの説明が不十分だったのですが、直行直帰する現場が
他にもあるという前提で税務相談コーナーの方も捉えたらしく詳しく説明したところ
就業場所が大手プラント1つだけという事になると話が変わってくる。直行直帰の車輛の
貸与はルートセールスのように、いくつも目的地があった場合にそういった方法をとることも
一般的にあるそうですが、あくまでも現場が1箇所に限定されているとなると出勤と帰宅を
会社が面倒をみる事になるので経済的利益が発生する事になるのでは？と指摘されました。
それであれば結局のところマイカーで会社に立ち寄って車を乗り換えて現場に向かって
もらう方がよいのでは？との事でした。
言われてみれば確かにそうなのかなぁと感じつつも、ここまで細かい部分まで税務調査では
調べられるものなのでしょうか？

今の現状で検討している案としては、もし車輛を貸与する場合は遠回りかもしれませんが
会社に向かってもらうルートをとってもらいマイカーで自宅から会社にきて車輛を乗り換えた
フリをして会社近くの高速インターを使用してもらわないと、つじつまが合わなくなります。
すいません・・・グレーな内容で。
自宅近くの高速インターを使用されると現場が一つで限定的といった事が指摘された場合、
経済的利益が発生するリスクと調べてみると自宅近くの高速インターからだと高速の路線が
違う為、料金も高くなるみたいなので、あくまでも”会社経由で現場”といった方法が
一番無難な方法かと考えますがマズいところがあれば、ご指摘お願い申し上げます。
すいません。質問になってないような質問をしてしまい。
宜しくお願い申し上げます。

「あくまで現場が１箇所に限定されているとなると出勤と帰宅を会社が面倒を見ることになるので経済的利益が発生する事になるのでは？」部分について、経済的利益が発生するということはプライベート部分が含まれるということしか考えられないと思われます。出勤時帰宅時にまっすぐ往復するのであれば起こりえない事象だと思います。したがって、それが無いように管理していけば問題ないのではと思われます。

通勤手当の非課税規定の考え方は、「自宅と通常勤務する場所との往復の経費（交通費）を一定の金額以下の場合は給与として課税しない」つまり、会社に経費となるということが前提としてあります。
よって、マイカー利用として支給する通勤手当が非課税限度内であれば、通勤手当として支給する場合と社用車を利用する場合はいずれも会社の経費となりますので、マイカーで出勤し社用車に乗り換えて現場へ出張とする方がコスト的には高くつくのではないでしょうか。

このように考えると、当初の御社の意見の方が妥当だと思う次第です。ただし、コスト的に最も安くなる範囲でということになりますので、ご注意ください。

ご返答が遅くなり大変申し訳ございません。
詳しいご説明ありがとうございました。
土師先生の仰る通り運行表等の管理を徹底し当初の案で進めようと思います。
ご回答ありがとうございました。