＊結了登記時の提出書類「決算報告書」について＊株主資本合計というのは、決算書のどの部分でしょうか？

ご質問は司法書士の専門であり、税理士の専門外なので知り得る範囲で回答します。
詳細は、司法書士にご確認ください。

純資産の部に評価換算差額金と新株予約権がない前提で回答します。

解散時の資産合計●●円から、負債合計××円を差引いた金額の◎◎円（株主資本合計）

→ここまでは解散事業年度の純資産の部です。

から解散日以後の入出金を加味した金額というのは、解散事業年度の決算書のどこをみたらよいでしょうか？
→ここからは解散事業年度の決算書ではわかりません。
解散日の翌日から残余財産確定日までの入出金の明細が必要であって、この入出金を加減算したものが残余財産確定事業年度の貸借対照表です。

解散時の株主資本合計というのは、どこからどこを引いたらよろしいでしょうか？

→資産の部－負債の部＝純資産の部＝株主資本合計です。