株主総会とは？

こちらは必須の書類になりますか？

→役員報酬の改定だけでなく、決算が確定したら毎期定時株主総会を開催しますので議事録は必要です。
なお、株主総会というのは税法上の規定ではなく会社法上の規定です。
全ての会社が定款に株主総会の定めを記載している筈ですので、貴社の定款をご確認ください。

また、代表取締役一人であとは一般社員のみなのですが、株主総会とは一般社員と行うものなのですか？

→株主総会とは株主が出席して行うものです。

役員報酬の決定の際には、株主総会で決定し、それをいつから反映させるべきなのでしょうか

→定款の定めに従って定時株主総会を開催し、何月支給分から改定するという議案を決議するのが一般的です。
なお、事業年度開始から3カ月以内の改定でないと、税法上の定期同額給与の改定とはなりません。

補足します。
株主総会は株式会社が行うものであって、合同会社の場合は社員総会を開催するのが一般的です。(定款に別段の定めがある場合はその定めに従います。)