法人なのに自家消費売上がある。

ご質問者様が疑問に思われる通り、法人に自家消費という概念はありません。法人は自分で飲食をしません。
何故、そのような処理をしているのかは顧問税理士にお聞きいただかなければわかりませんし、税務調査で指摘がなかったことも税務署の判断なのでわかりません。
お父様やそのご家族の飲食であれば売上のマイナスではなく、損金不算入の役員給与になると思います。

確認ですが、自家消費売上として売上から控除されているのでしょうか？加算されてはいませんでしょうか？

仰せのとおり、法人には個人事業者とは違い自家消費売上という概念はありません。もし自家消費売上として売上に足されているのであれば下記①ご参照ください。ご質問のとおり控除されているのであれば②をご参照ください。

①
飲食店の場合、お店で働いている従業員の方のお昼ご飯などを賄いとして提供することが良くあると思います。この賄いを全て会社負担とすると、会社で仕入れた材料を従業員に無償提供することと同じなので、これはそれぞれの従業員に対する給与となってしまいます。

これを避けるために、賄いを食べる人は通常メニューの半額相当以上を給与天引きして徴収します。このように従業員が賄い分を負担することで給与課税されるリスクを回避する方法があります。

実際の会計処理は仕入高のマイナスとするか、雑収入で処理することが一般的です。つまりこの徴収した賄い分を収入として計上するのです。この場合であれば、科目が適切ではありませんが自家消費売上として収益計上されているものと思います。

②
この場合もおそらく賄い分と思いますが、従業員からお金を徴収していないケースが考えられます。役員に対するものであれば役員報酬として損金不算入、従業員に対するものであれば給与として課税されます。法人税申告書別表四で加算調整されているか、又は賃金台帳などで給与課税されているかを確認しないとなんとも言えません。

経営を引き継がれたとのことですので、気になる点があれば遠慮せず税理士さんに確認された方が良いかと思います。

ご参考になれば幸いです。
よろしくお願いします。

税理士の方々
この度はお忙しいなか、ご丁寧にありがとうございました。
大変勉強になりました。

佐山穣税理士様
恐れ入りますが、もしまだご質問可能でしたらご確認お願い致します。

まず、ご指摘の通り、自家消費売上は
控除ではなく加算でした。
根幹の部分に誤りがあり、大変失礼致しました。
ですので、仰る通り、収益計上されております。

そのなかで、法人事業概況説明書の表裏の
売上高に相違があります。
表面は、収益計上した後の売上(加算)
裏面は、収益計上する前の売上(加算前)

これは、正式な処理をしていれば
数字が一致しているのでしょうか？

自家消費売上という適切ではない処理で
収益計上していることは理解しましたが、
数字が一致しないことが疑問です、、

恐れ入りますがもしご返答可能でしたら、
何卒よろしくお願い致します。

事業概況説明書の表面（10.主要科目）の売上高と、裏面（18.月別の売上高等の状況）に記載する売上金額の数字は基本的に一致します。

一致していないことが、何か意図があってのことなのか、単純に記載ミスなのかはわかりかねますが、税理士であればどのように処理することがその会社にとって最善か、という知識は持ち合わせていると思います。

質問者様が経営を引き継がれたとのことですので今後は質問者様が納得のいく方法で処理していくことが大事と考えますので、税理士さんとよくお話されると良いかと思います。

どうぞよろしくお願いいたします。

この度はありがとうございました。
先ほど、担当税理士に連絡致しました。
こちらで先に相談しておりましたので、スムーズにお話できました。
ご丁寧にご対応いただき、大変感謝しております。本当にありがとうございました。