事業用工業機械を売却した場合の利益計上

個人事業者が事業用の固定資産を売却した場合は、事業所得ではなく総合課税の譲渡所得になりますので、事業所得の経理処理は（借方）事業主貸／（貸方）機械装置となり事業所得計算には影響しません。

総合課税の譲渡所得なので、売却代金－（直前の帳簿価額（購入代金ではありません）＋譲渡費用）－特別控除額50万円（上限）が譲渡所得となり、5年以上保有していたのであれば譲渡所得の2分の1が課税対象になります。
詳細は以下をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3152.htm

なお、貴方が消費税の課税事業者であれば売却代金が課税売上高になりますので、消費税申告は売却代金を含めて行う必要があります。

すみません。1点訂正します。
5年以上保有ではなく5年超保有です。