譲渡所得税、土地二つを一つづつ売った場合と二つ同時に売った場合とで違いはある？

譲渡所得の各種特例の適用がないことを前提に回答させていただきます。ご了承ください。

土地を譲渡して譲渡損失が生じた場合には、その損失の金額は他の土地又は建物の譲渡所得の金額から控除（通算）することが可能ですが、給与所得や事業所得などの他の所得との通算はできないことになっております。
したがいまして、二つの土地を譲渡した場合に、一方には譲渡益が生じ、もう一方には譲渡損が生じるケースにおいては、二つの土地を同一年に譲渡することにより譲渡益と譲渡損を通算することが可能となりますので、譲渡益が生じる土地を単独で譲渡するより税負担は軽減されます。
譲渡年が異なりますと譲渡益と譲渡損は通算することができなくなり、一方の譲渡益に対する税金だけが課されることになります。この点が相違するところとなります。

宜しくお願いします。

年度をまたがなければ、売買に時間差があっても問題無いということですか？

個人の譲渡所得の計算は、1月1日から12月31日までの1年間の譲渡損益を合計して算定することになります。
したがいまして、複数の土地の売買があって、その売買の時期が異なっていても、同一年内であればすべて合算して申告することになりますので別段問題にはなりません。
宜しくお願いします。

その年度の区切り等の書かれた当該条文をお教えいただけませんか？

土地等の譲渡所得に関しては、所得税法第33条第3項になります。
その他の所得に関しても同法第23条から35条に定義されており、すべて「その年中の」という記載になっております。