消費税について

個人事業者の前提で回答します。
特定期間（前年1～6月）における課税売上高による納税義務の免除の特例（消費税法9条の2）のことかと思いますが、令和5年に消費税の課税事業者になるのは令和4年1～6月の課税売上高も給与等の支払額のいずれも1,000万円を超えた場合です。令和4年1～12月の年間ではありません。

個人事業者のその年の消費税の納税義務の有無の判定は以下の手順で行います。
➀基準期間（2年前）の年間の課税売上高が1,000万円超か？
はい→その年は課税事業者
いいえ→➁へ
➁特定期間（前年1～6月）の半年間の課税売上高も給与等の支払額のいずれも1,000万円超か？
はい→その年は課税事業者
いいえ→その年は免税事業者を選択できる

上記➁のはいに該当するのであれば、消費税課税事業者届出書（特定期間用）を提出します。

後半の所得税に関するご質問は、個別具体的に見ないと回答できませんが、経費が少ないことを以て税務署から目をつけられたということは聞いたことがありません。
経費が少ない＝所得及び税金が多いのですから、税務署からしたら問題視するような話ではないと思います。

すみません、当初のご質問で1,000万円を超えたというのは貴方の売上高のことですか？従業員が1人居るとご記載なので、給与等の支払額のことと思い、上記の回答をしました。
そうであれば、令和6年を適用開始課税期間とする消費税課税事業者届出書（基準期間用）を提出します。

6月までに1000万はありませんでした。
ですが、消費税簡易課税制度とゆうのを
出さなくちゃいけないといわれたのですが
もう1つあるらしく選択できると言われました
売上が1000万でそこから従業員の給料など
支払っています

当初のご質問は課税売上高が1,000万円を超えたことによる課税事業者届出のご質問のようですが、簡易課税制度のご質問ですか？
課税事業者届出と簡易課税制度は全く別物です。