インボイス登録をして消費税を自分で支払うか、登録せず報酬から消費税分引かれるのかどちらが良いのか

こんにちは。

具体的なご相談というのは、従来、1,000円の取引に対して消費税を加えた1,100円をＡ社から受け取っていたが、今後は消費税を除いた1,000円を受け取る可能性がある、というお話しですか？
この前提で回答しますので、前提が誤っていれば仰ってくださいね。

まず、Ａ社が一方的に「消費税を支払わない」と決めることは独占禁止法、下請法に抵触することになり、このような決定を行わないように公正取引委員会が情報発信しています。

上記の話はともかく、実際に消費税を受け取れない事態になりそうな場合、課税事業者になる方が有利になります。現在、免税事業者がインボイス制度を考慮して課税事業者になることを選択する場合、受け取った消費税の20%を納付すれば良いという特例があります（いわゆる２割特例）。そのため、消費税の全額を受け取れない場合と比較して消費税の８割が手元に残る課税事業者になる判断をする方が良いと思います。ただし、消費税の申告を行うための記帳や申告書作成の手間も掛かります。

なお、相談者様の詳細な状況を踏まえていないため、あくまで一般論とご理解ください。

質問内容が分かりづらく申し訳ありませんでした。
しかし的確にご回答くださりありがとうございます。
大変よく分かりました。
インボイスしてもしなくても、何かしらお金がでていくのであれば、どちらが得なのかと思っておりましたが…
2割特例の事などすっかり忘れておりました。
なるほど、確かにおっしゃる通り課税事業者になるほうが良さそうですね。　
会社に関しても、これは独占禁止法などになる可能性があるのですね。こちらのほうも、今一度、自分でよく調べてみようと思います。
ありがとうございました。