メーカーが修繕費を負担する事となった場合

消費税は、課税になります。メーカーの間に販売者が挟まったり販売者の説明不足で販売者負担の場合でも同じです。

理屈的には直接役務等の対価を提供していなくても貨物利用運送事業みたいに仲介という形で間接的に対価を提供しているからみたいな感じですかね？作業自体は下請けがやるけど契約上は元請けが請負って対価提供しているみたいな。
メーカーが損害賠償金を支払う場合は不課税でも、メーカーが第三者に依頼し代物弁済する場合は第三者への依頼取引は課税になるみたいなのとも似た感じの理屈も組み合わさる感じでしょうか？
まぁBtoBなので全員課税事業者なら納税額はマクロで見れば原則的には同じではあり（課税売上割合への影響など細かい差異はあるかもしれませんが）はするので税務調査で論点にはなりづらいのですかね？
例えばメーカー側が課税仕入を否認され不課税仕入認定されたとすると、こちらが課税売上を修正して不課税売上に出来ますし。
ただ延滞税など絡むのかもしれませんし、全体の税収は同じでも個々の調査官の評価指標の関係で積極的に否認してこようとするものですかね？