国外で業務処理をした場合、国内売上の消費税の計算について

事実関係が不明であり、文言のみから想像し、課税事業者であることを前提に回答させていただきます。

1、「国内業者から業務を受託し」かつ「国内業者に税込みで請求をしており」とありますので、業務の納品は日本国内であり、その「国内業者」になりますので消費税込みの請求をしているということと思われます。例えば、100万円の業務報酬に対して消費税10％を上乗せして110万円を請求するといった具合になると思います。
2、一方、「国外業者には不課税仕入で支払いを行っています」と実際の業務は国外で行っているので不課税取引であるものと想定した場合（実際に国外取引か否かは事実認定の問題）には、当然にその支払対価の中に消費税は存在しません。
3、従って、上記1で預かった消費税10万円を申告納付することになります。
以上、誤解なきようご理解ください。