個人事業主と仮払消費税

質問1
適正な計算の結果、還付となれば還付されます。還付税額が大きい場合、領収書等の証憑類の提出を後日求められることもあります。

質問2
消費税は最終的に消費者が負担するものだからです。
消費税は、事業者が受け取った消費税（仮受消費税）から支払った消費税（仮払消費税）を控除して納付税額を計算します。この控除の仕組みを多段階累積控除といい、これによって消費税の累積を排除することになります。
納税義務者である事業者に多段階累積控除を認めないと、生産流通の各段階で消費税が積み上がり、最終的に消費者が購入する時に10％や8％では済まない消費税額になります。

この備品にかかるべき消費税はどこへ行ったのでしょうか？
消費者の手に渡らなかったので消費税は発生しなかったという解釈になるのでしょうか

質問の例は備品であり、仕入商品と違い消費者に渡ることがありません
つまり、事業者が最終消費者である場合、実質的に消費税は課税されない、となります

事業者は消費者ではないので課税されない、という建前（理屈）は解りますが、仕入以外の物にも消費税がつかないのは不思議に思います

課税されないというのはおかしいと思います。
備品購入に伴って消費税を負担するのは事業者も消費者も同じです。
ただ、事業者は事業用の備品の消費税を仕入税額控除できるだけのことです。