業務委託費の消費税について

回答します。
消費税を差し引いてという言い方は問題です。それは値引きの言い訳に利用しているからです。
実際、指し引かれた残りに消費税は含まれますので単なる値引きしかありません。税務署に問い合わせたら問題ですと言われたと言ってみてはどうでしょうか。それか実際に確認してみてください。消費税を値引きすると言われたら、確か相談窓口があったと思います。そこを教えてくれるかと思います。

回答ありがとうございます。
あとお店として売上が1,000万以上になると消費税の納税する際、その分を請求するかもというような言い方をされたりもしたのですが、後から請求されるというのはどうなのでしょうか？

それも問題です。
お店が納付するから増えるという言い方が問題だし、あとから請求するのも問題です。この点も併せて相談してみてください。