青色申告の専従者給与の処理について

まず、年末調整に期限は1月31日ではありません。本来、年末調整はその年最後の給与にて調整をするものです。締日の関係（末締め翌月10日払い等）で支払が翌月になる場合は翌月10日です。1月31日はここまでなら年末調整をやり直せる期限となります。
また、「青色申告の承認申請書」は提出されているみたいですが「青色事業専従者給与に関する届出書」は提出していますか？これを提出していないと青色事業専従者給与の費用計上は出来ません。提出していれば申請額（月額）までの金額は費用計上を認められます。
さらに、「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」は提出していますか？これを出していないと源泉所得税が発生した時に毎月納付しなければなりません。提出していれば1月から6月分を8月10日まで7月～12月分を翌年1月20日までに納めれば大丈夫です。

野口先生、丁寧なご回答ありがとうございました。
年末調整の締めは既に終わってたのですね…
「青色事業専従者給与に関する届出書」は提出済みです。

質問後に思い切って税務署へ法定調書の書類を未処理の所得税徴収高計算書(1年分)とともに自分なりに書いて持っていったら受理してもらえました。源泉所得税が発生してないから受理されたのでしょうね。

その際納期の特例申請も出してきました。青色初年度とはいえ、もっと情報を自分から掴みにいかないとたちまち困りますね…大反省です。

お忙しい中教えていただきありがとうございました。

それは良かったですね。いろいろ届出書や期限やら規定がありますので気をつけてください。