4年無申告、棚卸資産の計上方法について

まず初めに棚卸しを行う意味について説明します。
所得税の計算は、簡単にいうと次のような計算で行います。
所得（利益・儲け）＝売上ー売上原価ー経費
売上原価＝期首商品棚卸高＋当期仕入ー期末商品棚卸高
ここで、売上原価を算定する意味は、当期に仕入れた商品がすべて売れたわけではないということから、売れた商品に対応する仕入商品はいくらなのかを算定して、商品の販売に伴う粗利を計算することをいいます（費用収益の対応原則といいいます。）。棚卸をする意味は、これを正しく行わないと、所得（利益・儲け）が正しく計算できないからです（当期に仕入れた分がすべて売れたとは限りませんし、儲かっているときに期末に大量の商品を仕入れたら全部経費になるとすると利益を恣意的に圧縮できてしまうからです。）。
そうしますと、本来的には、毎年、期首及び期末の棚卸をして、当期の仕入れととで売上原価を算定すべきことになりますが、もともと棚卸をしていなかったわけですから、あなたはおそらく白色申告者で帳簿を付けていなかったということでしょうから、今から毎年の棚卸金額を正確に計算することはおよそ不可能かと思われます（仮にできてもかなりの時間を要して相当な困難を要します。）。
したがって、現時点では、毎年の期末の棚卸金額を何らかの形で合理的に推計して計上するしかありません。この辺りは税務署の担当者とよく協議をするしかありありません。その中で、例えば、棚卸金額は期首期末とも同一金額と推計するという方法もあり、その結果として当期中の仕入金額がそのまま売上原価として算定するということもありえます（上記の売上原価の計算式で期首消費棚卸と期末商品棚卸を同一金額とすれば、売上原価＝当期仕入れという関係になります。）。その場合に、現時点の在庫を便宜的に、毎年の期首及び期末の棚卸金額として推計するということもありえます。税務署の調査官としても、棚卸金額を無視して課税することはできませんので、何らかの合理的な方法（説明がつく方法）で算定するものと思われます。とりあえず、まずはあなたが説明できる金額（現在の在庫をすべてを当期の期首の棚卸金額として推計して、あとは毎年の期首期末の棚卸も同額であるというように便宜的にみなす方法が考えられます。）を毎年の期首期末の棚卸金額としてみなして売上原価を計算してみて、後は税務署の調査官に相談するしかありません。難しい説明内容となっているかもしれませんが、ご理解ください。

私のような無知な者に大変丁寧なご説明をありがとうございます。

例えば棚卸を完璧にできている事を前提として、期首100万（去年の売れ残り）＋1000万（今年仕入れて売れた）－100万（今年仕入れて売れ残った）という状況の場合、

1100万円－100万円＝1000万円が売上、という計算方法で良いのでしょうか。
つまり、期首在庫が多い状況で、期末在庫が少ないと計上される利益は減る、という理解で問題ないでしょうか。

また、ご指導いただいた通り過去4年分の確定申告を行い納税を考えているのですが、私の状況では税務調査に発展する可能性はかなり高いのでしょうか。何卒ご回答の程宜しくお願い致します。

追加質問の、期首100万円＋仕入1000万円ー期末100万円＝1000万円は、売上ではなく、売上原価になります。
仮に売上が、1100万円であるならば、売上利益は、売上1100万円ー売上原価1000万円＝利益100万円となります。
期首在庫が多くて、期末在庫が少ないときは、売上原価が多くなりますが、利益が減るかどうかは、売上の金額が同じということであれば、利益は減るという意味では、あなたの理解は合っています。
過去4年分の無申告の指摘は、おそらくは税務署が何らかの資料を端緒に無申告者に対して申告をしょうようしたものであり、4年分の申告書を提出すれば、余程儲かっていない限り税務調査にまでは発展しません。

再度大変ご丁寧な回答を頂きましてありがとうございます。質問させて頂く前より大分理解できるようになりました。今後は地道に棚卸に関する知識をつけていきたいと思います。

また、税務調査に関しては利益はおおよそ年間で100万～140万程度ですのでひとまず安心致しました。可能な限り不備のないよう準備の上、申告に臨む事に致します。

お忙しい中ご教授頂きありがとうございました。